2010年5月,一趟蘭嶼的旅行,讓導演崔永徽意外走入了島嶼的生命史,旅途中閱讀了丁松青神父的《蘭嶼之歌》以及三毛所寫的序文,讓她看見島上一個個關於「人」的故事,也強烈感受到,在現代文明衝擊下,那些屬於達悟族人珍貴的文化資產,正在慢慢在消失中,八天的旅遊,在她心中留下滿滿澎派的情緒,回到台灣之後,也動念起想為這個樸實的小島,紀錄下心中最美模樣,從此開始了拍攝電影的楔子。
《只有大海知道》故事原型,來自在椰油國小教書的顏子矞老師,在蘭嶼待了十多年的他,為了帶孩子們走出小島,創立了小飛魚文化展演隊,透過在地耆老協助,帶領椰油、蘭嶼、朗島和東清四所學校的孩子,學習傳統舞蹈,並在全國原住民舞蹈比賽中,獲得不少亮眼的好成績,除了開拓視野,也建立起更多對於自身家鄉文化的自信。
電影中除了飾演子矞老師的黃尚禾,是來自漢族的專業演員,其餘都是由當地素人上場演出,導演從2012年夏天開始,每年都從台灣聘請專業老師,在當地舉辦表演戲劇營,除了尋找適合演出的人選,也透過這樣的訓練計畫,和當地人建立信任機制,電影中最催人熱淚的小男主角鍾家駿,就是在戲劇營中被導演發掘出的電影明星呢!!